L’Hospital de Cerdanya és el primer centre de salut transfronterer d’Europa i ofereix hospitalització d’aguts, atenció especialitzada i d’urgències a una població de referència de 32.000 persones, que es multiplica notablement durant les temporades turístiques. La seva missió és oferir assistència de salut especialitzada a l’Alta i Baixa Cerdanya i al Capcir, participant, com a eix vertebrador, d’una xarxa territorial que incorpori professionals i establiments de les dues bandes de la frontera. L’AECT-HC ha de vetllar pel manteniment de la continuïtat assistencial -des del punt de vista dels pacients i dels professionals-i treballar amb criteris de sostenibilitat econòmica i responsabilitat social.
L’Hospital de Cerdanya és el sisè hospital del país en formar aliança magnet amb un centre educatiu juntament amb l’Hospital Parc Taulí en aliança amb l’Escola Samuntada, l’Hospital Sant Pau i Santa Creu en aliança amb l’Escola Mas Casanovas (Barcelona), la Fundació Althaia en aliança amb l’Escola Sant Ignasi (Manresa), l’Hospital de Palamós en aliança amb l’Institut Escola Vila-Romà (Palamós) i l’Hospital de Tortosa Verge de la Cinta en aliança amb l’Escola Ferreries (Tortosa).